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메타지노믹스

RefSoil - Soil reference database 다운로드 받는 방법

메타지노믹스 메타지노믹스 2017.03.23 02:40

RefSoil ( Soil reference database)를 다운로드 받으려면 아래 웹사이트를 방문하면 된다. 


https://figshare.com/articles/RefSoil_Database/4362812


만약 서버이용 등의 이유로 커맨드라인을 이용해야 한다면 아래와 같이 각 파일을 다운로드 할 수 있다. 


bacteria.protein.fa.gz
wget -O bacteria.protein.fa.gz https://ndownloader.figshare.com/files/7088924

bacteria.nu.fa.gz
wget -O bacteria.nu.fa.gz https://ndownloader.figshare.com/files/7088969

archaea.protein.fa.gz
wget -O archaea.protein.fa.gz https://ndownloader.figshare.com/files/7088975

archaea.nu.fa.gz
wget -O archaea.nu.fa.gz https://ndownloader.figshare.com/files/7088978

all refsoil file

wget -O refsoil.gz https://ndownloader.figshare.com/articles/4362812/versions/1



관련논문은 아래 링크에 있음

Strategies to improve reference databases for soil microbiomes

http://www.nature.com/ismej/journal/v11/n4/full/ismej2016168a.html



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