최근 통계관련한 연구에 R이 많이 이용된다. 가장 큰 장점은 무료라는 점이다. SPSS 나 SAS와 비교해 무료라는 것은 정말 큰 장점이 아닐 수 없다. 단점은 처음 배우는데 시간이 걸린다는 점 그리고 속도가 C와 같은 다른 프로그램 랭귀지보다 느리다는 점이다. 1. 설치R의 기본 프로그램은 https://www.r-project.org/ 이곳에서 다운로드 받는다. Download R 이라는 링크를 누르면 많은 미러 사이트가 나오는데, 이것은 서버에 부하를 줄이기 위해 같은 파일을 여러곳에 올려놓은 것이다. 자신이 있는 곳에서 가장 가까운 곳을 고르면 된다. 그러면 리눅스, OSX, 윈도우즈의 자신의 운영체제에 맞은 파일을 찾아 다운로드 하면된다. 2. R 스튜디오R을 사용하기 위해 꼭 필요한 프로그램은..
R 을 이용해 앰플리콘 데이터를 분석하는 것은 여러모로 장점이 많다. 그중 가장 큰 장점은 '자동화'일 것이다. 한번 R 스크립트를 만들어 놓으면 이후에 그대로 혹은 최소한의 편집으로 다시 사용할 수 있기 때문이다. 또한 copy-paste 의 무한반복을 하지 않아도 된다!!! R에서 앰플리콘 시퀀스 데이터 분석을 도와주는 라이브러리 중 많이 사용하는 것이 phyloseq과 vegan 이다. 오늘은 그 중 phyloseq에 대해 알아보려고 한다. phyloseq은 R에서 앰플리콘 데이터를 읽어 다양한 형태의 결과물 (그래프)을 간편히 만들어 내는데 큰 도움이 된다. Phyloseq의 개발자가 좋은 튜토리얼을 많이 만들어 놓아 따라하기도 비교적 쉽다. 본인의 경험으로 phyloseq을 사용하는데 가장 어려..