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메타지노믹스

NGS 관련 기초 용어 정리

메타지노믹스 메타지노믹스 2017.03.30 22:15

NGS를 처음 접하면 생소한 단어들이 많이 등장한다. 


플랫폼이 무엇인가? Flatform 이란 어떤 기계를 사용했는가와 같은 것이다. 일루미나에서는 HiSeq, MiSeq 등의 플랫폼이 있다.

Flow Cell은 무엇인가? 샘플을 넣고 기계에 들어가는 일종의 카트리지이다. HiSeq과 MiSeq에 사용되는 Flow cell은 각각 아래처럼 생겼다.

HiSeq 용 Flow cell

MiSeq 용 Flow cell



Hiseq에는 이런 Flow cell이 2개까지 들어갈 수 있다. 아래 그림처럼 놓는 곳이 2군데이다. Miseq은 1개만 들어간다.




Lane은 무엇인가? NGS에서는 보통 여러개의 샘플을 섞어서 Load하는데, 한개의 Lane에 한개의 Load가 들어간다. 위에 Hiseq Flow cell 그림은 8 Lane짜리이다. 따라서 총 8개의 Load를 한꺼번에 처리할 수 있다는 뜻이다. Hiseq에서는 2 Lane짜리 Flow cell 도 있다. (아래 그림). 한번에 돌릴 수 있는 샘플의 수를 희생하고 빠른 속도가 필요할때 사용한다.

HiSeq용 2Lane Flow cell



Library? 각 DNA 샘플을 잘게 조각내고 (혹은 PCR로 amplify하고) Index를 붙이고 해서 HiSeq이나 MiSeq에 들어갈 수 있는 샘플로 만드는 과정을 Library prep이라고 한다. 


Barcode/Index: NGS에서는 한번에 처리할 수 있는 depth가 많다보니 여러개의 샘플을 섞어서 한번에 Load하는 경우가 많다. 그러면 어떤 시퀀스가 어느 샘플에 해당하는지 알아야 하기 때문에 Index를 단다.  Index 는 짧은 DNA 시퀀스로 각 샘플마다 고유의 시퀀스를 가져 나중에 어느 샘플에서 왔는지 찾을 수 있다. 


Adapter: Library 프랩 과정에서 잘게 조각낸 시퀀스 (혹은 PCR로 amplify한 시퀀스)에 Index를 붙이기 위해 필요한 짧은 DNA시퀀스 부분이다. 이부분은 모든 샘플이 같다. 따라서 이 부분으로는 어느 샘플인지 구분할 수 없고 단지 index를 붙이기 위해 추가되는 것이다. 



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