R 을 이용해 앰플리콘 데이터를 분석하는 것은 여러모로 장점이 많다. 그중 가장 큰 장점은 '자동화'일 것이다. 한번 R 스크립트를 만들어 놓으면 이후에 그대로 혹은 최소한의 편집으로 다시 사용할 수 있기 때문이다. 또한 copy-paste 의 무한반복을 하지 않아도 된다!!! R에서 앰플리콘 시퀀스 데이터 분석을 도와주는 라이브러리 중 많이 사용하는 것이 phyloseq과 vegan 이다. 오늘은 그 중 phyloseq에 대해 알아보려고 한다. phyloseq은 R에서 앰플리콘 데이터를 읽어 다양한 형태의 결과물 (그래프)을 간편히 만들어 내는데 큰 도움이 된다. Phyloseq의 개발자가 좋은 튜토리얼을 많이 만들어 놓아 따라하기도 비교적 쉽다. 본인의 경험으로 phyloseq을 사용하는데 가장 어려..
Mothur 사용하기. 16s 앰플리콘 데이터를 분석하는 방법중 많이 사용하는 프로그램 중 하나인 Mothur를 사용려면 어떻게 해야 할까. Mothur 설치 Mothur의 가장 큰 장점이라면 '쉬운 설치'이다. 아래 웹사이트에 들어가서 자신의 컴퓨터의 운영체제에 맞는 파일을 다운로드 받아서 압축을 푼다. 설치가 끝났다!!!https://github.com/mothur/mothur/releases윈도우를 사용하는 경우라면 : Mothur.win_64.zip맥을 사용하는 경우라며: Mothur.linux_64.zip리눅스를 사용하는 경우라면: Mothur.linux_64.zip을 다운로드 하면 된다. 데이터베이스 다운로드Mothur에서는 두개의 reference database를 사용한다. 아래 링크에서 ..