R1, R2, I1, I2, 도대체 어떤게 시퀀스 파일이가?
Miseq 시퀀싱을 맏기면 시퀀싱 센터에서 파일을 준다. 어디에 맏기는지에 따라 다르지만 샘플을 나누는 demultiplex 과정을 거치지 않고 주는 경우 read1, read2, index 파일 총 3개 또는 4개(두개의 인덱스)의 파일을 준다. 아래 그림과 같이 말이다. 수십개의 샘플을 보냈는데 파일이 달랑 4개라니!!! 도대체 내 시퀀스는 어디에 있단 말인가! 하지만 걱정할 필요 없다. 위에 4개의 파일안에 여러분이 필요한 모든 정보가 들어있다. 파일을 자세히보면 R1, R2라고 되어 있는 파일이 실제 시퀀스가 들어있는 파일이다. R1는 Read1 을 뜻하고 forward read를 말한다. R2는 Read2이고 reverse read이다. paired-end 를 사용했을 경우 이렇게 두개의 파일이..
앰플리콘 시퀀싱
2016. 12. 31. 01:15