바이오인포매틱스 일을 하면서 가장 귀찮은(?), 하지만 중요한 일중에 하나는 바로 NCBI 에 시퀀스를 등록하는 것이다. 그 이유는 생각보다 시간도 많이 들고 등록하다보면 '여기서는 뭐라고 써야하지?'하는 것들이 많기 때문이다. 하지만 시퀀스 등록은 필수이다!! 모든 분석이 시퀀스에서 시작하는데 시퀀스가 등록되어 있지 않다면 아무도 내 연구를 재현할 수 없을 것이다. 어디에 올려야 하는가?제일 첫번째 과정은 NCBI 웹사이트에 방문해 아이디를 만들고 Submission 페이지로 들어가는 것이다. https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/ 그런데, NCBI에 시퀀스를 올리기 위해 웹사이트에 들어가보면 종류가 너무 많아 도무지 어디에 올려야 하는지 알기 어렵다 (왼쪽 위 "Start..
리눅스 커맨드라인 (Command-line)에서 for문을 사용해서 반복 실행이 가능하다!!! 이걸 처음 알았을 때 내게 정말 대박! 이었다. 만약 커맨드라인 (Command-line), 터미널(Terminal), 배쉬(Bash)가 무엇인지 궁금하다면 여기를 클릭! 커맨드 라인을 사용해 프로그램을 돌려본 사람이라면 프로그램을 여러번 반복해서 돌려야 하는 일이 힘들다는 것을 알것이다. 바이오인포매틱스를 하면서 이런 어려움이 피부로 느껴진다. 예를들어 샘플이 60개 라고 하면 파일이 60개가 나오는데, 분석을 하려면 프로그램을 적게는 몇개에서 많게는 열개 넘게 돌려야 한다. 만약 10개의 프로그램을 돌려야 분석이 마쳐진다고 하면 60 X 10 총 600번의 커맨드 입력을 해야한다!!! 이 과정을 자동화 혹은..
한 분야의 대가가 누구인지는 말하기 아주 어렵다. 모든 연구자들이 모두 자신의 영역에서 최선을 다해 연구를 수행하므로 어떤 연구가 '좋은'연구인지 누가 '대가'인지 말하는 것은 사실 말이 되지 않는 일이다. 하지만 한분야에서 연구를 하다보면 그 분야를 이끄는 연구자들이 있는것을 발견하게 된다. 아래 리스트는 본인의 주관적인 판단에 따른 것으로 절대적인 것이 아님을 미리 알려두는 바이다. 1. James M. Tiedje미시간 주립대 교수 http://www.cme.msu.edu/tiedjelab/jtiedje.shtml 2. Titus BrownKhmer 개발자 http://ivory.idyll.org/lab/ 3. Rob KnightGut microbiomhttp://www.ted.com/talks/r..