티스토리 뷰

Mothur SOP 를 따라하려면 Stability파일을 만들어야 하는데, 이게 생각보다 쉽지 않다. 아래는 이 파일을 쉽게 만들 수 있는 방법을 소개한다.



시퀀싱 파일이 각 샘플별로 이미 demultiplex 되어 있고, 파일 이름이 samplename_R1_001.fastq, samplename_R2_001.fastq 와 같은 식으로 되어 있다고 하자. 시퀀스 파일이 있는 폴더 안에서 아래와 같은 방법으로 stability파일을 만든다.


ls *R1_001.fastq | cut -f1 -d "_" > groupnames.txt
ls *R1_001.fastq > forward.txt
ls *R2_001.fastq > reverse.txt
paste groupnames.txt forward.txt > temp.txt
paste temp.txt reverse.txt > stability.files


이렇게 하면 statility.files 안에 샘플이름, Forward시퀀스, Reverse시퀀스 의 순서로 파일이 만들어 진다.



댓글
공지사항
최근에 올라온 글
최근에 달린 댓글
Total
Today
Yesterday
링크
«   2024/03   »
1 2
3 4 5 6 7 8 9
10 11 12 13 14 15 16
17 18 19 20 21 22 23
24 25 26 27 28 29 30
31
글 보관함