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앰플리콘 시퀀싱

Mothur에서 stability 파일 만들기

메타지노믹스 메타지노믹스 2017.01.07 07:53

Mothur SOP 를 따라하려면 Stability파일을 만들어야 하는데, 이게 생각보다 쉽지 않다. 아래는 이 파일을 쉽게 만들 수 있는 방법을 소개한다.



시퀀싱 파일이 각 샘플별로 이미 demultiplex 되어 있고, 파일 이름이 samplename_R1_001.fastq, samplename_R2_001.fastq 와 같은 식으로 되어 있다고 하자. 시퀀스 파일이 있는 폴더 안에서 아래와 같은 방법으로 stability파일을 만든다.


ls *R1_001.fastq | cut -f1 -d "_" > groupnames.txt
ls *R1_001.fastq > forward.txt
ls *R2_001.fastq > reverse.txt
paste groupnames.txt forward.txt > temp.txt
paste temp.txt reverse.txt > stability.files


이렇게 하면 statility.files 안에 샘플이름, Forward시퀀스, Reverse시퀀스 의 순서로 파일이 만들어 진다.



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