티스토리 뷰

앰플리콘 시퀀싱

16s 앰플리콘 시퀀스 분석을 위한 프로그램

메타지노믹스 메타지노믹스 2016.11.18 06:06

시작하기 전에 이 글은 16s 앰플리콘 시퀀스 분석을 위한 글임을 알려둔다. 16s 앰플리콘 시퀀싱과 샷건 시퀀싱을 흔히 메타지노믹스라고 혼동하여 사용하는 경향이 있는데, 본인은 샷건 시퀀싱을 메타지노믹스라고 부르고 16s를 시퀀싱 한것은 앰플리콘 시퀀싱이라고 불러야 한다고 생각한다. 자세한 내용은 여기를 참고. 


16s시퀀싱은 이미 보편화 되어 사용되기 때문에 분석의 방법이나 툴이 어느정도 갖추어져 있다. 사람들이 가장 많이 사용하는 두가지 프로그램은 QIIME과 Muther이다. 두 프로그램 모두 여러 단계를 거쳐야 하는 분석을 한개의 프로그램에서 수행 가능하게 해준다. 


1. QIIME (http://qiime.org)


발음은 '차임'으로 한다. 시퀀싱 분석을 위해 거쳐야 하는 많은 단계를 몇개의 command line으로 수행할 수 있다. 장점이자 동시에 단점은 여러가지 독립적인 프로그램이 각 단계에서 돌아간다는 점이다. 이것이 장점인 이유는 각 단계에 필요한 프로그램이 모두 정식으로 publish된 프로그램이라는 점이다. 각 프로그램들은 컴퓨터 사이언티스트들이 작성하여 각각의 내용을 논문으로 내어 놓았다. 다시말해 각 단계의 신뢰도가 높다고 볼 수 있다. 단점은 수많은 독립적인 프로그램들이 필요하기 때문에 모두 제대로 설치하기가 어렵다. QIIME의 가장 어려운 단계는 설치이다 라는 말이 괜히 나온것이 아니다. 하지만 프로그램 설치만 제대로 되어 있다면 오히려 초보자에게 가장 쉬운 방법이 될 수도 있다. QIIME을 만든 사람도 설치의 어려움을 알았는지 홈페이지에 설치 이미지 파일을 제공하고 있다.


2. Mother (https://www.mothur.org)



Mother 개발자는 기존에 만들었던 Son과 Daughter를 합쳐서 Mother를 만들었다. 마더의 장점은 모든 코드가 한 그룹에서 쓰여졌다는 것이다.  따라서 설치가 매우 간단하다.  다만 모든 단계를 직접 명령어를 입력해서 수행해야 하는 것은 초보자에게 단점이 될 수 있다. 

신고
댓글
댓글쓰기 폼
공지사항
Total
8,556
Today
1
Yesterday
74
링크
«   2017/10   »
1 2 3 4 5 6 7
8 9 10 11 12 13 14
15 16 17 18 19 20 21
22 23 24 25 26 27 28
29 30 31        
글 보관함