NGS를 처음 접하면 생소한 단어들이 많이 등장한다. 플랫폼이 무엇인가? Flatform 이란 어떤 기계를 사용했는가와 같은 것이다. 일루미나에서는 HiSeq, MiSeq 등의 플랫폼이 있다.Flow Cell은 무엇인가? 샘플을 넣고 기계에 들어가는 일종의 카트리지이다. HiSeq과 MiSeq에 사용되는 Flow cell은 각각 아래처럼 생겼다.HiSeq 용 Flow cell MiSeq 용 Flow cell Hiseq에는 이런 Flow cell이 2개까지 들어갈 수 있다. 아래 그림처럼 놓는 곳이 2군데이다. Miseq은 1개만 들어간다. Lane은 무엇인가? NGS에서는 보통 여러개의 샘플을 섞어서 Load하는데, 한개의 Lane에 한개의 Load가 들어간다. 위에 Hiseq Flow cell 그림은 ..
RefSoil ( Soil reference database)를 다운로드 받으려면 아래 웹사이트를 방문하면 된다. https://figshare.com/articles/RefSoil_Database/4362812 만약 서버이용 등의 이유로 커맨드라인을 이용해야 한다면 아래와 같이 각 파일을 다운로드 할 수 있다. bacteria.protein.fa.gzwget -O bacteria.protein.fa.gz https://ndownloader.figshare.com/files/7088924 bacteria.nu.fa.gzwget -O bacteria.nu.fa.gz https://ndownloader.figshare.com/files/7088969 archaea.protein.fa.gzwget -O arc..
유닉스/리눅스에서 많이 사용하는 압축 방법은 gz와 tar 이 있다. gz는 한개의 파일을 압축할 때 사용하고 tar은 여러개의 파일은 한개로 묶어줄 때 사용한다. 여러개의 파일을 한개로 묶고 압축까지 하고 싶다면 tar.gz 로 사용할 수 있다. 사용방법은 아래와 같다 1. gz 압축풀기gz는 gzip의 확장자이다. gz로 압축되어 있는 파일을 풀기 위해서는 아래와 같이 한다.gunzip filename.gz 2. gz로 압축하기한개의 파일을 압축할때 gzip을 사용한다.gzip filename 3. tar.gz 압축풀기여러개의 파일/폴더의 경우 tar.gz로 제공되는 경우가 많다. 이 파일은 아래와 같이 압축을 해제한다.tar -zxvf filename.tar.gz 4. tar.gz로 압축하려면 아래..
유닉스는 1969년 처음 발표되어 리눅스로 계승되면서 현재까지 활발하게 사용되고 있다. 윈도우를 사용하는 많은 사용자들에게는 조금 낯설 수 있으나 전문영역에서는 가장 안정적인 시스템으로 여겨지고 있다. 오랜 역사를 가진 만큼 많은 유닉스 명령어도 오랜 시간 '살아남은' 것들이다. 다시말해 사용자들에 의해 그 필요성과 유용성이 철저히 검증되었다고 할 수 있다. 실제로 이들은 하나 하나가 모두 작은 프로그램이다. 하지만 모든 유닉스/리눅스 계열 시스템에 기본으로 장착되어 있어 마치 자체 명령어처럼 느껴지는 것들이다. 이중에 많이 사용하는 것들을 소개한다. 1. cat, head, tail, less, more텍스트 파일을 열어보고 싶을때 사용한다. 유닉스/리눅스의 기본 파일 시스템은 텍스트 파일로서 데이터나..