티스토리 뷰

메타지노믹스

데이터베이스 정리

메타지노믹스 메타지노믹스 2017.01.11 17:03

NGS 시퀀싱 관련한 데이터베이스가 어떤 것들이 있을까? 사실 너무 많은 데이터베이스들이 존재해서 어디서부터 봐야할지 막막하기도 하다. 아래 대표적으로 반드시 알아야할!! 데이터베이스를 소개한다. 


1. NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)

생물학을 하는 사람이라면 모를 수 없는 웹사이트다. 바이오인포매틱스(Bioinformatics)나 computational biology를 하지 않아도 이 웹사이트에서 제공하는 Blast는 써봤을 법하다. 이 웹사이트는 미국 NIH에서 운영하는 것으로 '모든 DNA 시퀀스는 모두에게 공개되어야 한다'는 모토로 지금까지 알려진 모든 DNA시퀀스 정보를 제공하는데 목적이 있다.


2. EMBL-EBI (http://www.ebi.ac.uk/)

위에서 소개한 NCBI의 유럽판이라고 보면 된다. 놀라운 것은 위에 두 데이터베이스가 서로 정보를 공유하기 때문에 정보가 어디는 있고 어디는 없는 경우가 없다. 따라서 둘중에 한군데만 들어가도 충분한 정보를 얻을 수 있다.


3. IMG (https://img.jgi.doe.gov)

Full-genome sequence, meta-genome sequence 등의 정보들이 있다.


4. MG-RAST (http://metagenomics.anl.gov/)

데이터베이스 라기 보다는 메타지놈을 분석해 주는 서비스에 가깝다. 하지만 수많은 NGS데이터를 제공한다. 


마지막으로 생물학자를 위한 데이터베이스를 정리해 놓은 논문 

신고
댓글
댓글쓰기 폼
공지사항
Total
5,306
Today
3
Yesterday
14
링크
«   2017/08   »
    1 2 3 4 5
6 7 8 9 10 11 12
13 14 15 16 17 18 19
20 21 22 23 24 25 26
27 28 29 30 31    
글 보관함