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바이오 인포매틱스

FASTQ를 FASTA로 변환하기

메타지노믹스 메타지노믹스 2016.11.04 21:56

시퀀싱을 하면 결과가 보통 FASTQ 포멧으로 나온다. 하지만 가끔은 FASTA포멧이 필요할 때가 있다. FASTQ 포멧을 FASTA포멧으로 변경하는 방법을 소개한다. 리눅스 또는 맥의 터미널을 이용한다고 가정한다. 


cat filename.fastq | paste - - - - | sed 's/^@/>/g'| cut -f1-2 | tr '\t' '\n' > filename.fasta



조금 복잡해 보일 수 있으나 의외로 간편하게 아무런 프로그램을 설치하지 않고도 포멧 변경이 가능하다. 


여러개의 파일을 한꺼번에 바꾸려면 다음과 같이 for 구문을 사용하면 된다.


for x in *.fastq;do cat $x | paste - - - - | sed 's/^@/>/g'| cut -f1-2 | tr '\t' '\n' > ${x%.fastq*}.fasta;done




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